Основным клиническим проявлением эндометриоза является дисменорея. Если эктопический эндометрий имплантируется в густонаселенную область нервов, то боль ярко выражена, а воспаление проявляется как хроническое воспаление тканей, подобно ревматоидному артриту, вызывая боль и приводя к фиброзу тканей, что приводит к анатомическим деформациям. Плотное распределение тазовых нервов находится в основном в матке, крестцовых связках и кишечном канале, и лечение варьируется в зависимости от места поражения. Если поражение ограничено маткой, удаление надматочного очага решит проблему, но часто поражение бывает более распространенным, поэтому боль должна быть устранена путем тщательного интраоперационного исследования и удаления всех очагов. Однако иногда операция не в состоянии удалить все очаги поражения, и в таких случаях требуется медикаментозное лечение. Воспаление, возникающее при эндометриозе, контролируется половыми гормонами: эстроген способствует воспалительной реакции, а прогестерон и андрогены подавляют ее. Эктопические железы эндометрия вырабатывают факторы, вызывающие воспалительный клеточный ответ в ответ на эстроген, который должен пройти через железистые клетки эндометрия, чтобы стимулировать клеточный ответ, связанный с воспалением. Цель современного лечения — прервать этот путь воспалительной реакции. Считается, что в ближайшем будущем это сложное заболевание будет лечиться очень эффективно.