Перианальные бородавки можно лечить местно 0,5% настойкой педикулезного токсина, 50% раствором трихлоруксусной кислоты или 5% кремом фторурацила местно, или можно давать крем ретиноевой кислоты с кремом имиквимода местно. Все эти препараты вызывают раздражение, поэтому при их использовании необходимо позаботиться о защите окружающих нормальных слизистых оболочек, а также применять их местно в небольших количествах, иначе они могут вызвать большие язвы или шелушение эпидермиса. Также важно избегать контакта с водой и расчесывания, чтобы не усугубить инфекцию, а при небольших высыпаниях лучше всего начать с замораживания жидким азотом, лечения углекислым лазером или ионтофореза. Поскольку кожа вокруг ануса влажная, на нее легко наносятся препараты местного действия, также можно использовать иммуномодуляторы, такие как интерферон, трансфер фактор и тимидин.