Вагинальное УЗИ в это время относительно не рекомендуется из-за снижения сопротивляемости из-за вагинального кровотечения во время менструации. Однако в некоторых особых случаях врачи могут рекомендовать вагинальное УЗИ, когда у пациентки только что началась менструация и наблюдается небольшое вагинальное кровотечение, в двух случаях: во-первых, когда пациентка думает, что кровотечение менструальное, но на самом деле это аномальное маточное кровотечение, и вагинальное УЗИ может быть проведено, когда кровотечение только началось и его не так много. Во-вторых, среди вспомогательных репродуктивных технологий врач по бесплодию посоветует пациентке пройти вагинальное УЗИ в начале менструации, чтобы контролировать количество синусных фолликулов и таким образом понять функцию яичников. Поэтому вагинальное УЗИ можно делать в случаях легкого вагинального кровотечения или когда вагинальное кровотечение не очень обильное в начале менструации, для клинической диагностики, и вероятность вагинальной инфекции не особенно высока.