Амоксициллин обычно не помогает при головных болях. Существуют различные причины головных болей, общие из них — мигрень, головная боль напряжения, цервикогенная головная боль, кластерная головная боль, ни один из вышеперечисленных распространенных типов головных болей не связан с инфекцией в организме. Если речь идет о головной боли напряжения, часто требуется прием Мины. Головная боль от мигрени требует приема ибупрофена, а цервикогенная головная боль требует приема таких препаратов, как прегабалин и габапентин. Существуют и другие виды головной боли, например, гипертонические головные боли, которые требуют приема антигипертензивных препаратов, и кластерные головные боли, которые требуют приема гормонов или кислорода. Существуют также головные боли, вызванные внутричерепными инфекциями, такими как бактериальный менингит, при которых амоксициллин обычно не помогает, а внутривенные цефалоспориновые антибиотики обычно полезны.