Наиболее прямым золотым стандартом диагностики абдоминального туберкулеза является биопсия тканей брюшной полости. Патологическая биопсия обычно выполняется лапароскопически из соответствующих тканей, и если в патологической ткани обнаруживаются Mycobacterium tuberculosis или типичные казеозные гранулемы, диагноз туберкулеза брюшной полости может быть подтвержден. Клиническая диагностика абдоминального туберкулеза относительно трудна, поскольку у пациентов с абдоминальным туберкулезом в брюшной полости в основном имеется жидкость, а туберкулезные палочки в жидкости встречаются редко и их трудно обнаружить, а доля пациентов с простым абдоминальным туберкулезом, которым проводится лапароскопическое лечение, относительно невелика. Поэтому у большинства пациентов с абдоминальным туберкулезом диагноз ставится на основании клинической диагностики в сочетании с анализами крови и тестами, связанными с абдоминальной жидкостью.