Влагалище населено различными патогенными микроорганизмами (включая бактерии), которые образуют нормальную микробиоту влагалища. Хотя во влагалище присутствуют разнообразные бактерии, они не вызывают заболеваний благодаря экологическому балансу между влагалищем и этой флорой. Лактобациллы, эстроген и рН влагалища играют важную роль в поддержании экологического баланса влагалища. Репродуктивный тракт нормальных женщин детородного возраста имеет естественные защитные механизмы. В микроэкологии влагалища доминирует Lactobacillus vaginalis. Под влиянием эстрогена эпителий влагалища разрастается и насыщается гликогеном, который под действием Lactobacillus vaginalis расщепляется до молочной кислоты, поддерживая рН влагалища на уровне 4-5 и эффективно убивая патогенные бактерии или подавляя их размножение. При нарушении экологического баланса влагалища или вторжении экзогенных патогенов может возникнуть воспаление. Снижение уровня эстрогена или повышение рН влагалища, например, частые половые акты или орошение влагалища, могут привести к повышению рН влагалища, что не способствует росту Lactobacillus. Длительное применение антибиотиков для подавления роста Lactobacillus может позволить другим патогенным бактериям стать доминирующими и вызвать воспаление.