Магнитно-капсульная гастроскопия может быть использована для исследования кишечника, однако необходимо позаботиться о надлежащей подготовке перед исследованием, а также исключить противопоказания. Магнитно-капсульная гастроскопия может использоваться для обследования тонкой кишки и желудка. Такие заболевания, как кишечные язвы, кишечные полипы и болезнь Крона, могут быть обнаружены и оценены с помощью магнитно-капсульной гастроскопии. Перед проведением магнитно-капсульной эндоскопии рекомендуется голодание и подготовка кишечника, при глотании магнитно-капсульной эндоскопии можно выпить небольшое количество воды, но жевать запрещено, также не допускаются интенсивные физические нагрузки. При плохом общем состоянии неоперабельных или отказавшихся от любой операции органов брюшной полости, запрещается проводить исследование, чтобы избежать встраивания, которое не может быть удалено. Тест также запрещен тем, у кого подозревают непроходимость или сужение пищеварительного тракта, наличие электронных имплантатов, таких как кардиостимуляторы, или женщинам во время беременности. Тест должен проводиться профессиональным врачом после строгого обследования и не допускается к самостоятельному проведению.