Последствиями неонатального энцефалита, в случае вирусного энцефалита, являются в основном неврологические повреждения, такие как замедление речи, паралич, затрудненное глотание, глухота и эпилепсия. Она также может проявляться в виде слабоумия, потери памяти, понимания, умственной отсталости, безразличия, тусклых глаз, агрессивного поведения, раздражительности и аномальных когнитивных функций, а также вегетативной дисфункции, такой как чрезмерное потоотделение и слюноотделение. К более серьезным последствиям бактериального менингита относятся нарушение сознания, потеря слуха, нарушение двигательных функций, нарушение зрения, эпилепсия и гидроцефалия. К более легким последствиям относятся поведенческие проблемы, трудности в обучении и снижение мышечного тонуса. Новорожденных, у которых наблюдаются судороги, крик, трудности с кормлением и лихорадка, следует немедленно показать врачу, чтобы избежать задержек в лечении и неблагоприятных последствий.