Некоторые факторы окружающей среды играют очевидную роль в возникновении аутоиммунных заболеваний. Например, прокаинамид может вызывать волчаночноподобный синдром у генетически предрасположенных людей, а при прекращении приема препарата симптомы исчезают. Некоторые другие аутоиммунные заболевания, вызванные лекарствами, включают гемолитическую анемию и тромбоцитопеническую пурпуру. Исследования роли металлов в аутоиммунных заболеваниях проводились в основном в лабораторных условиях и на животных. Как правило, металлы подавляют пролиферацию и активацию иммунных клеток, хотя есть и исключения, такие как ртуть, золото и серебро, которые вызывают пролиферацию лимфоцитов и аутоиммунные реакции. Волчаночноподобный синдром возникает у крыс, генетически предрасположенных к введению ртути, золота или серебра. Однако механизмы аутоиммунных заболеваний, возникающих после воздействия различных металлов, различны. Возможно, что аномальный иммунный ответ обусловлен дефицитом какого-либо вещества. Например, дефицит селена был связан с аутоиммунным тиреоидитом и кардиомиопатией, и когда некоторые пациенты получали добавки селена, наблюдалось улучшение симптомов. Некоторые эпидемиологические исследования показывают, что определенные факторы связаны с заболеванием, например, йод в рационе и тиреоидит, кремнезем и склеродермия и красная волчанка. Полихлорированные бифенилы были связаны со склеродермией и красной волчанкой. Однако доказательств в отношении трихлорэтилена мало. Другие факторы, такие как диоксины, пестициды и эстрогены, еще требуют дополнительных доказательств. Другие факторы, такие как ультрафиолетовое излучение и инфекции, также являются важными причинными факторами.