Лечение дефектов межжелудочковой перегородки у детей младшего возраста зависит от размера дефекта и возраста пациента. Некоторые из них могут заживать самостоятельно, в то время как другие могут потребовать герметизации или операции по исправлению. Если пациент родился с дефектом межжелудочковой перегородки менее 1 см, то дефект может зажить самостоятельно, особенно в возрасте одного года, и скорость самоизлечения относительно высока, но по мере взросления пациента скорость самоизлечения снижается. При сочетании тяжелой легочной гипертензии, рецидивирующей пневмонии или трудностей с кормлением в раннем возрасте необходимо хирургическое вмешательство для снижения легочной гипертензии и скорейшего устранения дефекта. Для центральных дефектов межжелудочковой перегородки, если возраст пациента превышает 3 года, можно попытаться провести хирургическую окклюзию, которая является менее инвазивной и быстрее восстанавливается; для других типов, которые не могут быть окклюзированы, необходима операция по устранению дефекта межжелудочковой перегородки с экстракорпоральным кровообращением.